وبعد استشهاد علي بن ابي طالب استولى معاوية على حكم العراق ومن ضمنها الكوفة فوجد حجر نفسه محكوم من قبل نظام يخالف منهجه الذي اتبعه، وكان الحاكم الجديد للكوفة هو المغيرة بن شعبة الذي حكم الكوفة لسبع سنوات لا يتوانا عن لعن علي على المنابر الامر الذي كان يغضب الشيعة وعلى راسهم حجر الذي كان دائما مايقوم لينادي في المسجد مستنكرا ذم علي، وتكثر المجادلات بين الطرفين ويكثر الشجار لكن المغيرة كان حريصا على الا يقتل حجر او يصيبه باذى فكان يقول:"إنّه قد اقترب أجلي وضعف عملي وما أحبّ أن أبتديء أهل هذا المصر(المدينة) بقتل خيارهم وسفك دمائهم فيسعدوا بذلك وأشقى، ويعزّ معاوية في دنياه ويذلّ المغيرة في الآخرة، وسيذكرونني لو قد جرّبوا العمّال بعدي"[6].فمات المغيرة سنه 50 هـ فحكم الكوفة زياد ابن ابيه ليصبح بذلك حاكما على البصرة وعلى الكوفة. وكان زياد شديد العداء لعلي وشيعته وشديد التربص بحجر بن عدي. وسرعان ماتصادم الاثنان فاعتقل حجر بن عدي ومعه نفر من اصحابه واودعوا السجن. وجمع اربع من كبار المسؤلين في حكومته ليشهدوا على حجر فكتب احدهم وهو ابو بردة بن ابي موسى الاشعري:"بسم الله الرحمن الرحيم " هذا ما شهد عليه أبو بردة بن أبي موسى لله رب العالمين، شهد أن حجر بن عدي خلع الطاعة وفارق الجماعة ولعن الخليفة ودعا إلى الحرب والفتنة، وجمع الجموع يدعوهم نكث البيعة، وخلع أمير المؤمنين معاوية، وكفر بالله كفرة صلعاء" فاعجب زياد بهذه الشهادة وقال:"على مثل هذه الشهادة اشهدوا، والله لأجهدن في قطع عنق الخائن الأحمق"[7].ثم دعا الناس فقال: اشهدوا على ما شهد عليه رؤوس الأرباع، قام عناق بن شرحبيل التميمي أول الناس فقال: اكتبوا اسمي، فقال زياد: إبدأوا بقريش ثم اكتبوا اسم من نعرفه ويعرفه معاوية بالصحة والاستقامة، وشهد غيرهم حتى وصلوا السبعين اسما. وكتب باسماء اشخاص لم يشهدوا بالفعل على حجر وكان احدهم شريح بن هانئ، الذي علم ان اسمه قد وضع في هذه الشهادة فارسل الى معاوية على وجه السرعة رسالة كان نصها:"لعبد الله معاوية أمير المؤمنين من شريح بن هانئ، أما بعد فقد بلغني أن زيادا كتب إليك بشهادتي على حجر بن عدي، وأن شهادتي على حجر: إنه ممن يقيم الصلاة، ويؤتي الزكاة، ويديم الحج والعمرة، ويأمر بالمعروف وينهى عن المنكر، حرام المال والدم فإن شئت فاقتله، وإن شئت فدعه"[8].فقرا معاوية ذلك واكتفى بشطب اسم شريح من الشهادة من الدون التحقق من صحة شهادة باقي الاسماء.تردّد معاوية في قتل حُجر وأصحابه، خشية تذمّر المسلمين ونقمتهم عليه، فأرسل إلى زياد يخبره بتردّده فأجابه زياد: «إن كانت لك حاجة بهذا المصر فلا تردّن حِجراً وأصحابه إلي».وجّه معاوية إلى حجر وأصحابه وهم في*مرج عذراء*رسولاً فقال له حجر: «أبلغ معاوية إننا على بيعتنا ، وأنه إنما شهد علينا الأعداء والأظناء، فلما أخبر معاوية بما قال حجر، أجاب: زياد أصدق عندنا من حجر».رجع رسول معاوية إليهم مرة أخرى وهو يحمل إليهم أمر معاوية بقتلهم أو البراءة من علي فقال حجر: «إن العبرة على حد السيف لأيسر علينا مما تدعونا إليه، ثم القدوم على الله، وعلى نبيه، وعلى وصيه أحبّ إلينا من دخول النار، فقال له السياف عندما أراد قتله، مدّ عنقك لأقتلك، قال إني لا أعين الظالمين على ظلمهم، وطلب منهم قبل ان يقتلوه ان يقتلوا ابنه همام قبله فقتلوه فسئلوه عن سبب طلبه هذا فقال: " خفت أن يرى هول السيف على عنقي فيرجع عن ولاية علي[9]". فضربه ضربة سقط على أثرها شهيداً سنة 51هـ ، ودفن في مرج عذراء وقبره معروف هناك.أحدثت جريمة قتل حجر وأصحابه ضجة واستنكاراً كبيرين في العالم الإسلامي ، ومن الشخصيات التي استنكرت ذلك الإمام الحسين . لشدة ورعه وتقواه، وتمتعه بصفات حميدة، كالشجاعة والعزة والعنفوان.
